Anochecer narra el exilio de una familia de agricultores expulsados de su aldea y la nueva vida que intentan forjarse en el pequeño pueblo de Rosales. Aquí empieza el relato épico de unas personas humildes arrojadas contra su voluntad al caos de la historia. La descripción de su insistente lucha contra la pobreza, la injusticia y el abuso de los dominadores se convierte en un emotivo homenaje a los mártires anónimos de la independencia filipina.

En la década de 1880, en las Filipinas ocupadas por los españoles, Istak Samson, tiene que volver a su miserable pueblo y dejar la iglesia de Cabugaw donde servía al bondadoso Padre José cuando éste es sustituido por el Padre Zarraga. Ba-ac, el padre de Istak, indignado por la injusticia que imponen los dominadores, trata de convencer al cruel Padre Zarraga para que reconsidere su decisión. Ciego de ira ante las humillaciones constantes del Padre Zarraga, lo mata a golpes, lo cual obliga a toda la familia a huir.  En Rosales, la familia trabará amistad con el rico y generoso Don Jacinto que les aconseja instalarse en la jungla. Así empieza una nueva vida para Istak, primero al darse cuenta de sus poderes curativos extraordinarios, y luego al unirse al ideólogo de la revolución en busca de la independencia de su país.